深圳航空有限责任公司是主要经营航空客、货、邮运输业务的航空运输企业。设立南宁、无锡、广州、常州、沈阳、郑州六个基地分公司和航空货运、工贸、广告、旅游、航空配餐、酒店六个二级公司。深圳市深航货运有限公司成立于1994年，是深圳航空的直属企业，主要从事国内、国际航空货物运输业务。开辟“卡车航班”货运业务，实现货物运输的无缝转接。 深圳航空控股常州机场、管理无锡机场，与德国汉莎航空合资成立了翡翠国际航空货运公司。与美国梅萨航空合资成立了鲲鹏航空有限公司。由深圳航空出资以持有80%股权控股成立了昆明航空有限公司。2005年深圳航空有限责任公司完成股权转让，成为民营控股航空公司。2006年深圳航空提出“369”发展战略规划，即：利用3年时间将公司的飞机数量增加到60至70架；用6年时间将公司飞机数量增加到100架，成为国内外知名的、有自己品牌的公司；用9年时间使公司飞机数量增加到160架，始发基地增加到8-10个，使深圳航空跻身为国内五大航空集团之一。